急診醫學科是衢州市重點學科，是浙西地區急診急救、危重病搶救中心，是國家住院醫師規范化培訓急診專業基地、省青年文明號、省巾幗文明崗、浙醫二院張茂專家工作站及衢州市急診醫學質控中心，2018年以急診科為主導的衢州市創傷中心掛牌成立。急診醫學科是集院前急救—急診搶救—急診病房—急診重癥監護為一體的先進的急救醫療體系，24小時提供院前和院內的急診急救醫療服務。

學科擁有醫護人員140余名，其中高級職稱17人，中級職稱31人，碩士4人。配置了完善、快捷和功能強大的急救支持體系，設有急診留觀室、搶救室、急診病區、急診重癥監護室、急診手術室。配備多功能呼吸機、ＰＯＣＴ檢測、血液凈化設備、心肺復蘇儀、高級血流動力學監測設備等急救設備。主要開展急危重癥的救治工作，如創傷、高危胸痛、中毒、呼吸心跳驟停、膿毒癥、多臟器功能衰竭等。核心技術有：復蘇性主動脈球囊阻斷術、呼吸序貫性治療、多模態腦功能監測、VSD引流術、腹部創傷手術、骨髓腔注射、血液凈化、心臟臨時起搏、氣管切開術、機械通氣、纖支鏡治療、重癥超聲、有創血流動力學監測、亞低溫等技術。年急診量近12萬人次，急診搶救近5000余人次。